Σε ηλικία 81 ετών, έφυγε από την ζωή ο Στέφανος Παπαϊωάννου. Ο θάνατός του προκάλεσε θλίψη στη σύζυγό του Ευαγγελία, στα παιδιά του Ιωάννη και Παρασκευή, Ελισσάβετ και Χρήστο, Ιωάννα, Μαρία και Ιωάννη, στα εγγόνια, στα αδέλφια του και στους υπόλοιπους συγγενείς.  

Η κηδεία του τελέστηκε το πρωί της Δευτέρας 1 Σεπτεμβρίου, στον ιερό ναό Αναστάσεως του Λαζάρου, στο νέο Κοιμητήριο της Χαλκίδας, όπου συγγενείς και φίλοι της οικογένειας τον συνόδεψαν στην τελευταία του κατοικία.