Σε ηλικία 83 ετών σταμάτησε για πάντα να χτυπάει η καρδιά του Γιάννη Μπαρδακλή. Ο θάνατός του προκάλεσε θλίψη στη σύζυγό του Ειρήνη, στα παιδιά του Απόστολο και Διονυσία, Γιώργο και Νίκη, στα εγγόνια του, στα αδέλφια και στους υπόλοιπους συγγενείς.

Η κηδεία του τελέστηκε το μεσημέρι της Πέμπτης 2 Φεβρουαρίου, από τον ιερό ναό Αγίου Ιωάννη Χαλκίδας, όπου συγγενείς και φίλοι της οικογένειας συγκεντρώθηκαν για τον τελευταίο αποχαιρετισμό.